PHP5.2.3リリース時にはアップデートを見送ったのですが、本日5.2.4のリリースアナウンスがあったので、再度挑戦してみました。で、問題なくアップデートできました。
前回、アップデートに失敗した理由は、C:\windows\system32 にある libmysql.dll のバージョンが、PHPと合っていなかったから、でした。C:\windows\system32\libmysql.dll を変更すると、他のMySQLクライアントにも影響が及ぶことを危惧しましたが、問題なさそうなので、PHP同梱バージョンに変更。他にもmcryptとか、PHPのルートフォルダにあるDLLをパスの通ったフォルダに置いて使っている場合には、そのバージョンに注意しなきゃいかんということですね。
ついでに、利用していなかったPEARライブラリも、さっくり削除しましたよん。